Il progetto può essere avviato anche in fase di valutazione, a condizione che il beneficiario disponga del Codice Unico di Progetto (CUP), la cui indicazione sui titoli giustificativi di spesa è obbligatoria pena la loro inammissibilità. A tal fine, i soggetti pubblici possono richiedere autonomamente il CUP in qualsiasi momento, conformandosi a quanto previsto nelle linee guida operative, mentre i soggetti privati devono presentare richiesta di assegnazione del CUP all'Autorità di Gestione, anche antecedentemente all'approvazione formale del progetto.

Le fatture prive di CUP dovranno essere regolarizzate non appena il CUP verrà attribuito, secondo le modalità previste dalla normativa nazionale.