Die Prüfbehörde ist ein Kontrollorgan, das die Verwendung europäischer Finanzmittel überprüft, im Besonderen den Einsatz der Strukturfonds, die zur Verringerung der wirtschaftlichen und sozialen Unterschiede zwischen den Bürgerinnen und Bürgern der Europäischen Union errichtet wurden. Die einzelnen Mitgliedstaaten der Europäischen Union nutzen die Strukturfonds, um konkrete Maßnahmen auf regionaler Ebene oder - wie im Falle der Autonomen Provinzen Trient und Bozen - auf Landesebene umzusetzen. In der Autonomen Provinz Bozen geschieht dies über die operationellen Programme des Europäischen Sozialfonds (ESF) und des Europäischen Fonds für regionale Entwicklung (EFRE), darunter Interreg Italien - Österreich und Interreg Italien - Schweiz

Zu den Kontrollaufgaben der Prüfbehörde gehören:

• Systemprüfungen. Die Prüfbehörde prüft, ob die mit der Durchführung des Programms betrauten Behörden über geeignete, einwandfrei funktionierende Verwaltungs- und Kontrollsysteme verfügen.
• Operationsprüfungen. Die Prüfbehörde bewertet die Recht- und Ordnungsmäßigkeit der Vorgänge, die den Ausgabenerklärungen an die Europäische Kommission zur Rückerstattung der Beträge zugrunde liegen.
• Rechnungsprüfungen. Die Prüfungen stellen hinreichend sicher, dass die an die Europäische Kommission übermittelte Rechnungslegung vollständig, genau und sachlich richtig ist.

Die Prüfbehörde ist eine eigenständige, von der Verwaltungsbehörde unabhängige Organisationseinheit, erstellt Unterlagen zu den Prüfverfahren und erarbeitet Prüfbehelfe und Planungsdokumente für ihre Tätigkeit